Установка BIKA LIMS Inkosi на Ubuntu за 15 минут

О чём эта инструкция

Эта инструкция описывает шаги для установки рабочей, автономной системы BIKA LIMS Inkosi на сервере Ubuntu, используя совместимые старые версии Zope и Plone. BIKA несовместим с новыми версиями Plone, поэтому мы устанавливаем проверенные версии ПО и настройки, обеспечивающие совместимость.

Важно: используйте свои имена хоста, логины и пароли вместо примеров (LIMSERVER, USERNAME, PASSWORD). Подключение и копирование команд выполняйте через SSH (например, Putty).

Кому это подходит

Системным администраторам и инженерам DevOps, которые могут устанавливать ПО через терминал.
Проектам, где критична совместимость с BIKA LIMS и нельзя обновлять Plone/Zope до последних версий.

Предварительные требования

Установленная базовая система Ubuntu 8.04 (Hardy Heron). Скачать можно отсюда:

http://releases.ubuntu.com/releases/8.04/

Доступ по SSH из вашей рабочей машины к серверу LIMSERVER (порт 22).
Доступ в Интернет со стороны LIMSERVER для скачивания архивов.
Права sudo на сервере.

Примечание: Ubuntu 8.04 выбрана потому, что пакеты привязаны к дистрибутиву и совместимость с требуемыми версиями ПО в современных релизах не гарантируется.

Что нужно знать перед началом

«inet addr» в выводе ifconfig — это локальный IP адрес сервера; не путать с 127.0.0.1 (loopback).
Копирование и вставка команд: в SSH-клиентах на Windows используйте Ctrl+C/Ctrl+V или правую кнопку мыши, в Linux/Mac — стандартные сочетания терминала.

Быстрая последовательность шагов

Установить Ubuntu 8.04 и обеспечить доступ по SSH.
Подключиться к серверу из другой машины (например, Putty).
Создать рабочие каталоги и переменные окружения.
Установить компиляторы и зависимости Python 2.4.
Скачать, собрать и установить Zope 2.9.9.
Установить Plone 2.5.3 поверх Zope.
Установить пакет BIKA и дополнительные зависимости.

Подключение и получение IP-адреса

После входа на сервер определите локальный IP командой:

ifconfig

Локальный адрес указан после первой встречи «inet», например inet addr:192.168.2.8 — значит IP 192.168.2.8.

Теперь подключитесь к серверу с другой машины по SSH (порт 22).

http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html

Настройка переменных и каталогов

В примерах ниже используется LIMSERVER для имени машины и USERNAME/PASSWORD там, где нужно. Замените их своими значениями.

Создайте каталоги для загрузки и сборки ПО:

DOWNLOAD_DIR=~/temp  
BUILDS_DIR=~/builddirs

MY_PRODUCTS_DIR=~/products

Настройка каталогов Zope:

ZOPE_TARBALLDIR=http://www.zope.org/Products/Zope/2.9.9  
ZOPE_TARBALL=Zope-2.9.9-final.tgz  
ZOPE_WGET_ADDRESS=$ZOPE_TARBALLDIR/$ZOPE_TARBALL  
ZOPE_BUILDDIR=$BUILDS_DIR/Zope-2.9.9-final

Настройка Plone:

SOFTWARE_HOME=~/zope-2.9.9  
# Plone software  
PLONE_TARBALL_DIR=http://launchpad.net/plone/2.5/2.5.3/+download  
PLONE_TARBALL=Plone-2.5.3-final.tar.gz  
PLONE_VERSION=Plone-2.5.3-final  
PLONE_WGET_ADDRESS=$PLONE_TARBALL_DIR/$PLONE_TARBALL  
# What do you want your Zope instance to be called?  
INSTANCE_HOME=$SOFTWARE_HOME/Plone

Настройка BIKA и дополнительных компонентов:

ROOT_LOGIN='admin'  
ROOT_PASSWORD='PASSWORD'  
BIKA_TARBALL_DIR=http://downloads.sourceforge.net/project/bika/bika/2.2.1  
BIKA_TARBALL=bika-2_2_1_bundle.tar.gz  
BIKA_VERSION=bika-2_2_1_bundle  
BIKA_WGET_ADDRESS=$BIKA_TARBALL_DIR/$BIKA_TARBALL  
REPORTLAB_TARBALL_DIR=http://www.reportlab.com/ftp/  
REPORTLAB_TARBALL=ReportLab_2_4.tar.gz  
REPORTLAB_VERSION=ReportLab_2_4  
REPORTLAB_WGET_ADDRESS=$REPORTLAB_TARBALL_DIR/$REPORTLAB_TARBALL  
BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR=http://bioinf.scri.ac.uk/lp/downloads/programs/genomediagram/  
BIKAFONTS_ZIPFILE=linfonts.zip  
BIKAFONTS_DIR=linfonts  
BIKAFONTS_WGET_ADDRESS=$BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE

Важно: репозитории и адреса скачивания со временем могут измениться. В этом руководстве критично использовать указанные версии, чтобы избежать конфликтов.

Установка компиляторов и создание директорий

Установите компиляторы и необходимые пакеты:

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install g++

Создайте каталоги для сборки и загрузок:

mkdir $BUILDS_DIR $DOWNLOAD_DIR $MY_PRODUCTS_DIR

Установите старую версию Python 2.4 и связанные пакеты:

sudo apt-get install python2.4

sudo apt-get install python2.4-dev

sudo apt-get install python2.4-elementtree

Скачивание и установка Zope 2.9.9

Скачайте Zope:

sudo wget $ZOPE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

Распакуйте архив:

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$ZOPE_TARBALL -C $BUILDS_DIR

Перейдите в каталог сборки:

cd $ZOPE_BUILDDIR

Запустите конфигурацию установки:

./configure --prefix=$SOFTWARE_HOME

Для объяснения использования “./“ см.:

http://www.linfo.org/dot_slash.html

Установите make и соберите Zope:

sudo apt-get install make

make

make install

Подготовьте экземпляр Zope:

$SOFTWARE_HOME/bin/mkzopeinstance.py -d $INSTANCE_HOME -u $ROOT_LOGIN:$ROOT_PASSWORD

Скачивание и установка Plone 2.5.3

Скачайте Plone:

sudo wget $PLONE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

Распакуйте в каталог Products экземпляра Zope:

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$PLONE_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR

Создайте символические ссылки из распакованной версии Plone в Products Zope:

for i in $MY_PRODUCTS_DIR/$PLONE_VERSION/*;   
do echo $i;  
  ln -s $i $INSTANCE_HOME/Products/;   
done

Каждая строка должна вводиться как отдельная команда (в сумме 4 строки, как показано).

Поскольку эта версия Plone не содержит всего необходимого, установите пакет plone-site из репозитория Ubuntu:

sudo apt-get install plone-site

Теперь у вас должен быть работающий сайт Plone внутри экземпляра Zope.

Далее: установка BIKA и дополнительных модулей

В исходной инструкции дальнейшие шаги по установке BIKA описаны частично. После установки Zope и Plone:

Скачайте BIKA bundle по адресу, указанному в переменных (BIKA_WGET_ADDRESS) и распакуйте в каталог Products.
Установите ReportLab и шрифты, указанные через REPORTLAB_WGET_ADDRESS и BIKAFONTS_WGET_ADDRESS.
Перезапустите экземпляр Zope и активируйте продукты через интерфейс управления Plone/Portal.

Важно: для некоторых шагов может потребоваться корректировка прав доступа владельца каталогов (chown) и перезапуск Zope.

Проверка работоспособности

Зайдите в веб-интерфейс Zope/Plone по адресу http://:8080/ (или другому порту, если настроен).
Авторизуйтесь как ROOT_LOGIN (admin) и проверьте, загрузились ли продукты BIKA в раздел Products.
Создайте тестовую лабораторную запись и убедитесь, что базовый функционал работает.

Отладка и частые ошибки

Важно: если BIKA не запускается, проверьте версии Plone и Zope — именно их несовместимость является основной причиной сбоев.

Ошибка импорта модулей: проверьте PYTHONPATH и символические ссылки в $INSTANCE_HOME/Products.
Ошибки сборки Zope: убедитесь, что установлены make, gcc и g++.
Неправильные права: проверьте владельца файлов и сетевые права (firewall/iptables).

Альтернативные подходы

Использовать виртуальные машины с предустановленной Ubuntu 8.04 для изоляции устаревшего стека.
Рассмотреть контейнеры LXD/LXC с образами старых дистрибутивов для упрощённого управления.
План модернизации: параллельно вести проект по миграции BIKA на современные версии Plone (когда будут исправлены несовместимости).

Когда этот метод не подойдёт

Если политика безопасности запрещает использование устаревших ОС и пакетов — обновление или контейнеризация обязательны.
Если вы собираетесь разворачивать систему в продакшн с долгосрочной поддержкой — рекомендуется проект миграции на современные стеки.

Контрольный список ролей

Администратор сервера: установка Ubuntu, настройка SSH и firewall.
DevOps/Инженер развертывания: сборка Zope, разворачивание Plone, загрузка BIKA.
QA/Биолог-лаборант: валидация бизнес-функций BIKA (создание образцов, отчёты).

Критерии приёмки

Zope и Plone запущены без ошибок в логах.
Продукты BIKA отображаются в Products и доступны через Plone UI.
Базовые рабочие сценарии (создание записи, генерация отчёта) выполняются без ошибок.

Справочник терминов одной строкой

Zope: сервер приложений для Python, на котором работает Plone.
Plone: CMS, использующая Zope для размещения веб-приложений.
BIKA LIMS: лабораторная информационная система, расширение для Plone.

Резюме

Это практическое руководство показывает, как быстро и повторимо развернуть BIKA LIMS на Ubuntu 8.04 с совместимыми версиями Zope 2.9.9 и Plone 2.5.3. Метод ориентирован на сохранение совместимости: используйте указанные версии и проверяйте права и зависимости.

Важно: планируйте миграцию в будущем, так как использование устаревшей ОС и библиотек повышает риск безопасности и поддержки.

Установка BIKA LIMS Inkosi на Ubuntu Server за 15 минут