Instalar BIKA LIMS Inkosi no Ubuntu Server

Objetivo e aviso rápido

Este documento explica como montar uma solução BIKA LIMS num servidor Ubuntu. Ele usa versões antigas de Zope, Plone e Python porque BIKA Inkosi, na versão indicada, não funciona com versões mais recentes dessas dependências. Se possível, teste numa VM isolada. Não invente dados sensíveis no servidor de produção.

Importante: o procedimento baseia-se em Ubuntu 8.04 (Hardy Heron) e software com versões específicas. Essas versões já não recebem atualizações de segurança; use isto apenas para ambientes de teste, retrocompatibilidade ou migração controlada.

Visão geral

Baixar e instalar Ubuntu 8.04 (ou imagem compatível).
Preparar variáveis e diretórios.
Instalar compiladores e dependências Python antigas.
Compilar e instalar Zope 2.9.9.
Instalar Plone 2.5.3 dentro da instância Zope.
Instalar BIKA 2.2.1 e dependências (ReportLab, fontes).

Requisitos

Acesso físico ou SSH ao servidor Ubuntu.
Outra máquina para aceder via SSH (cliente tty). Recomendado: PuTTY em Windows.
Acesso à Internet para descarregar tarballs (pode precisar alterar URLs se mudarem).
Permissões sudo no servidor.

Obter a imagem do Ubuntu (compatibilidade)

Para garantir compatibilidade com as versões antigas do software, o guia recomenda Ubuntu 8.04 (Hardy Heron). Pode descarregar em:

http://releases.ubuntu.com/releases/8.04/

Nota: Em ambientes modernos, prefira criar uma VM com esta imagem para evitar riscos de segurança à rede.

Acesso inicial e IP local

Depois de instalar o Ubuntu e iniciar sessão, descubra o IP local com:

ifconfig

Procure a linha que contém “inet” e leia o número. Ex.: inet addr:192.168.2.8 → IP local = 192.168.2.8. Não confundir com 127.0.0.1 (loopback).

A partir de outra máquina na mesma rede, abra uma sessão SSH (porta 22) para o IP do servidor. Em Windows pode usar PuTTY: http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html

Variáveis e directórios usados neste guia

Use nomes apropriados para o seu ambiente em vez de LIMSERVER, USERNAME ou PASSWORD. No exemplo seguinte mantemos as variáveis originais para copiar e colar.

Defina os directórios de download e construção:

DOWNLOAD_DIR=~/temp  
BUILDS_DIR=~/builddirs

MY_PRODUCTS_DIR=~/products

Defina as variáveis do Zope:

ZOPE_TARBALLDIR=http://www.zope.org/Products/Zope/2.9.9  
ZOPE_TARBALL=Zope-2.9.9-final.tgz  
ZOPE_WGET_ADDRESS=$ZOPE_TARBALLDIR/$ZOPE_TARBALL  
ZOPE_BUILDDIR=$BUILDS_DIR/Zope-2.9.9-final

Defina as variáveis do Plone:

SOFTWARE_HOME=~/zope-2.9.9  
# Plone software  
PLONE_TARBALL_DIR=http://launchpad.net/plone/2.5/2.5.3/+download  
PLONE_TARBALL=Plone-2.5.3-final.tar.gz  
PLONE_VERSION=Plone-2.5.3-final  
PLONE_WGET_ADDRESS=$PLONE_TARBALL_DIR/$PLONE_TARBALL  
# Nome da sua instância Zope  
INSTANCE_HOME=$SOFTWARE_HOME/Plone

Defina as variáveis do BIKA e ReportLab:

ROOT_LOGIN='admin'  
ROOT_PASSWORD='PASSWORD'  
BIKA_TARBALL_DIR=http://downloads.sourceforge.net/project/bika/bika/2.2.1  
BIKA_TARBALL=bika-2_2_1_bundle.tar.gz  
BIKA_VERSION=bika-2_2_1_bundle  
BIKA_WGET_ADDRESS=$BIKA_TARBALL_DIR/$BIKA_TARBALL  
REPORTLAB_TARBALL_DIR=http://www.reportlab.com/ftp/  
REPORTLAB_TARBALL=ReportLab_2_4.tar.gz  
REPORTLAB_VERSION=ReportLab_2_4  
REPORTLAB_WGET_ADDRESS=$REPORTLAB_TARBALL_DIR/$REPORTLAB_TARBALL  
BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR=http://bioinf.scri.ac.uk/lp/downloads/programs/genomediagram/  
BIKAFONTS_ZIPFILE=linfonts.zip  
BIKAFONTS_DIR=linfonts  
BIKAFONTS_WGET_ADDRESS=$BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE

Nota: Se os ficheiros deixarem de existir nos URLs, terá de encontrar mirrors ou hospedar os ficheiros localmente. Mantenha as versões exatas até resolver conflitos com versões mais recentes.

Preparar o sistema e instalar compiladores

Crie os directórios:

mkdir $BUILDS_DIR $DOWNLOAD_DIR $MY_PRODUCTS_DIR

Instale gcc e g++:

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install g++

Instale Python 2.4 e pacotes necessários (versões antigas):

sudo apt-get install python2.4

sudo apt-get install python2.4-dev

sudo apt-get install python2.4-elementtree

Obter e instalar Zope 2.9.9

Descarregue o tarball do Zope:

sudo wget $ZOPE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

Extraia-o:

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$ZOPE_TARBALL -C $BUILDS_DIR

Entre no diretório de build:

cd $ZOPE_BUILDDIR

Configure a compilação para a prefix indicada:

./configure --prefix=$SOFTWARE_HOME

(Explicação de “./“: executa o script no diretório actual.)

Instale dependências de compilação e compile:

sudo apt-get install make

make

make install

Prepare a instância Zope:

$SOFTWARE_HOME/bin/mkzopeinstance.py -d $INSTANCE_HOME -u $ROOT_LOGIN:$ROOT_PASSWORD

Instalar Plone 2.5.3

Descarregue e extraia o Plone:

sudo wget $PLONE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$PLONE_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR

Criar links simbólicos dos produtos Plone para a instância Zope (executar como linhas separadas ou num único bloco):

for i in $MY_PRODUCTS_DIR/$PLONE_VERSION/*;   
do echo $i;   
 ln -s $i $INSTANCE_HOME/Products/;   
done

Instale componentes adicionais necessários para esta versão do Plone:

sudo apt-get install plone-site

Após estes passos terá uma instância Zope com Plone 2.5.3 dentro.

Nota sobre múltiplas instâncias

Se pretende criar mais do que uma instância Plone, terá de ajustar IDs de porto/servidor de arranque (start-id-server). Este guia assume uma única instância.

Instalar BIKA e dependências (resumo)

Siga o mesmo padrão de download e extração para BIKA, ReportLab e fontes. Exemplo geral:

sudo wget $BIKA_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$BIKA_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR

Instale o ReportLab e as fontes necessárias com wget e extração nos directórios apropriados. Após copiar os produtos para $INSTANCE_HOME/Products reinicie a instância Zope/Plone para carregar os novos produtos.

Verificação e arranque

Verifique logs em $INSTANCE_HOME/var/ e ficheiros de event.log no Zope.
Abra o browser para http://:8080/ (ou porto configurado) e aceda ao Management Interface com as credenciais definidas.

Resolução de problemas comuns

Erro: dependência Python não encontrada → verifique versão de python e paths.
Erro de importação em Plone → confirme se os links simbólicos em $INSTANCE_HOME/Products apontam para os ficheiros correctos.
Problema ao iniciar Zope → consulte logs de traceback em $INSTANCE_HOME/var.

Quando falha: se uma versão mais recente do Plone ou Zope for necessária para funcionalidades modernas, considere migrar o conteúdo em vez de manter versões antigas a longo prazo.

Alternativas e modelo mental

Alternativa: levantar uma VM com Docker ou LXC contendo o ambiente antigo para isolar riscos.
Modelo mental: trate este procedimento como recreação de um «snapshot» histórico — versões antigas, comportamento antigo.

Checklist por função

Administrador de sistema:
- Criar VM/Backup antes de começar.
- Garantir acesso SSH e que porta 22 está disponível.
- Criar utilizador sudo.
Engenheiro de aplicação:
- Confirmar URLs dos tarballs.
- Validar versões e dependências Python.
Responsável de QA:
- Testar navegação em Plone.
- Importar dados de teste e validar workflows BIKA.

Ficha técnica (fact box)

Sistema base: Ubuntu 8.04 (Hardy Heron)
Zope: 2.9.9
Plone: 2.5.3
BIKA: 2.2.1
Python: 2.4

Quando esta abordagem falha

Não recomendado para produção por razões de segurança (SO e dependências sem manutenção).
Se o seu BIKA exigir integrações modernas (APIs REST, LDAP actual), versões antigas podem não suportar.

Migração e compatibilidade

Estratégia recomendada: levantar a instância antiga em ambiente isolado, exportar conteúdo e migrar para versões actuais de Plone/BIKA quando suporte estiver disponível.
Tenha um plano de rollback: snapshot da VM antes de modificações.

Segurança e privacidade

Não exponha instâncias com software obsoleto à Internet sem protecções (VPN, firewall, NAT).
Se lidar com dados pessoais, considere regras de retenção e cifragem; evitar usar versões sem patches em produção.

Pequeno glossário

Zope: servidor de aplicações Python usado por Plone.
Plone: CMS construído sobre Zope.
BIKA LIMS: aplicação de gestão de laboratórios que corre sobre Plone.

Mini playbook de aceitação (Criterios de aceitação)

A instância Zope arranca sem erros.
Plone aparece na interface de gestão e carrega correctamente.
BIKA instala sem erros de importação.
Testes básicos de criação de registos funcionam.

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Agora disponível: procedimento para montar uma instância BIKA LIMS Inkosi em Ubuntu 8.04. O guia contém comandos prontos, variáveis de ambiente, passos de compilação do Zope 2.9.9, instalação do Plone 2.5.3 e preparação para instalar o BIKA 2.2.1. Use este procedimento em máquinas de teste ou VMs isoladas; é ideal para recuperar sistemas legados ou migrar dados para plataformas mais recentes. Consulte a checklist e a secção de resolução de problemas antes de avançar.

Resumo final

Este guia ajuda a reconstruir um ambiente BIKA LIMS com versões comprovadas.
Use uma VM para isolar riscos e, sempre que possível, planeie a migração para software suportado.
Verifique URLs e faça backups antes de iniciar.

Importante: este fluxo é orientado para compatibilidade retroactiva. Para produção, planeie atualização e mitigação de riscos.

Instalar BIKA LIMS Inkosi no Ubuntu Server em 15 minutos