Instalar BIKA LIMS Inkosi en Ubuntu en 15 min

Objetivo y variantes de intención

Intento principal: instalar BIKA LIMS Inkosi en Ubuntu Server rápidamente.
Variantes relacionadas: instalar BIKA LIMS en Ubuntu 8.04, desplegar Plone 2.5.3, compilar Zope 2.9.9, solución local para LIMS en laboratorio.

Requisitos previos

Un servidor con Ubuntu 8.04 (Hardy Heron). Este procedimiento depende de versiones antiguas; no funciona con versiones modernas de Plone/Zope.
Acceso SSH desde un equipo cliente (ej. PuTTY en Windows).
Usuario con permisos sudo.
Conexión a Internet desde el servidor para descargar paquetes.
Conocer nombres: LIMSERVER (nombre del equipo), USERNAME y PASSWORD (sustituir por los tuyos).

Nota importante: estas instrucciones usan versiones antiguas porque BIKA Inkosi no es compatible con versiones más recientes de Plone/Zope. Conserva las versiones indicadas hasta que existan builds compatibles.

Preparación: instalar Ubuntu e instalar openssh y LAMP

Descarga Ubuntu 8.04 desde: http://releases.ubuntu.com/releases/8.04/
Instala el sistema base. Durante la instalación selecciona openssh y LAMP server con la barra espaciadora cuando se solicite.
Asegúrate de que LIMSERVER tiene acceso a la WWW y no está bloqueado por firewall.

Conéctate al servidor y determina la IP local:

ifconfig

La IP local aparece junto a la primera instancia de inet. Por ejemplo: inet addr:192.168.2.8 indica IP 192.168.2.8 (no confundir con 127.0.0.1, que es la interfaz de loopback).

Desde tu equipo cliente abre un cliente TTY/SSH (por ejemplo PuTTY) y conéctate al puerto 22 de la IP del LIMSERVER.

Organización de directorios y variables (usar tal cual o adaptar)

Copia y pega estas líneas en la sesión SSH. Sustituye LIMSERVER, USERNAME, PASSWORD si procede.

DOWNLOAD_DIR=~/temp
BUILDS_DIR=~/builddirs

MY_PRODUCTS_DIR=~/products

Zope:

ZOPE_TARBALLDIR=http://www.zope.org/Products/Zope/2.9.9
ZOPE_TARBALL=Zope-2.9.9-final.tgz
ZOPE_WGET_ADDRESS=$ZOPE_TARBALLDIR/$ZOPE_TARBALL
ZOPE_BUILDDIR=$BUILDS_DIR/Zope-2.9.9-final

Plone:

SOFTWARE_HOME=~/zope-2.9.9
# Plone software
PLONE_TARBALL_DIR=http://launchpad.net/plone/2.5/2.5.3/+download
PLONE_TARBALL=Plone-2.5.3-final.tar.gz
PLONE_VERSION=Plone-2.5.3-final
PLONE_WGET_ADDRESS=$PLONE_TARBALL_DIR/$PLONE_TARBALL
# Nombre de la instancia Zope
INSTANCE_HOME=$SOFTWARE_HOME/Plone

BIKA y dependencias:

ROOT_LOGIN='admin'
ROOT_PASSWORD='PASSWORD'
BIKA_TARBALL_DIR=http://downloads.sourceforge.net/project/bika/bika/2.2.1
BIKA_TARBALL=bika-2_2_1_bundle.tar.gz
BIKA_VERSION=bika-2_2_1_bundle
BIKA_WGET_ADDRESS=$BIKA_TARBALL_DIR/$BIKA_TARBALL
REPORTLAB_TARBALL_DIR=http://www.reportlab.com/ftp/
REPORTLAB_TARBALL=ReportLab_2_4.tar.gz
REPORTLAB_VERSION=ReportLab_2_4
REPORTLAB_WGET_ADDRESS=$REPORTLAB_TARBALL_DIR/$REPORTLAB_TARBALL
BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR=http://bioinf.scri.ac.uk/lp/downloads/programs/genomediagram/
BIKAFONTS_ZIPFILE=linfonts.zip
BIKAFONTS_DIR=linfonts
BIKAFONTS_WGET_ADDRESS=$BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE

Nota: las URLs pueden moverse en el futuro; si falla la descarga tendrás que buscar los mismos paquetes en mirrors o repositorios archivados.

Instalación de compiladores y herramientas base

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install g++

Crea los directorios de descarga:

mkdir $BUILDS_DIR $DOWNLOAD_DIR $MY_PRODUCTS_DIR

Instala la versión de Python requerida y extensiones:

sudo apt-get install python2.4

sudo apt-get install python2.4-dev

sudo apt-get install python2.4-elementtree

Descargar y compilar Zope 2.9.9

sudo wget $ZOPE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$ZOPE_TARBALL -C $BUILDS_DIR

cd $ZOPE_BUILDDIR

./configure --prefix=$SOFTWARE_HOME

(Explicación breve: prefix indica el directorio de instalación.)

Compila Zope:

sudo apt-get install make

make

make install

Prepara la instancia Zope:

$SOFTWARE_HOME/bin/mkzopeinstance.py -d $INSTANCE_HOME -u $ROOT_LOGIN:$ROOT_PASSWORD

Descargar e instalar Plone 2.5.3

sudo wget $PLONE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$PLONE_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR

Crea los enlaces simbólicos para los productos Plone dentro de la instancia Zope:

for i in $MY_PRODUCTS_DIR/$PLONE_VERSION/*;   
do echo $i;  
 ln -s $i $INSTANCE_HOME/Products/;   
done

Cada línea del bucle es como aparece arriba (4 líneas en total). Esta acción enlaza los productos de Plone en la carpeta Products de la instancia.

Instala componentes adicionales que faltan en esta versión de Plone:

sudo apt-get install plone-site

Esto deja una instalación funcional de Plone dentro de Zope.

Desplegar BIKA LIMS Inkosi

Descarga el bundle de BIKA y sus dependencias con las variables BIKA_WGET_ADDRESS y REPORTLAB_WGET_ADDRESS.
Extrae el contenido dentro de $INSTANCE_HOME/Products o en $MY_PRODUCTS_DIR y enlázalo como hicimos con Plone.
Asegúrate de instalar ReportLab y fuentes necesarias (BIKAFONTS) y seguir las instrucciones de instalación de BIKA para registrar productos y configurar el portal.

(Nota: los pasos precisos de BIKA pueden requerir ajustes según la versión; sigue las instrucciones incluidas en el paquete bika-2_2_1_bundle.)

Consejos de puesta en marcha

Inicia la instancia Zope desde $SOFTWARE_HOME/bin con los scripts generados por mkzopeinstance.py.
Accede al Zope Management Interface y crea el sitio Plone si no se creó automáticamente.
Crea el usuario administrador con ROOT_LOGIN/ROOT_PASSWORD y verifica que BIKA aparece como producto instalable.

Comprobación rápida y pruebas iniciales

Verifica que los servicios (Apache, Zope) están en ejecución y escuchando los puertos correctos.
Comprueba en un navegador local que puedas acceder al portal Plone.
Revisa los logs en $INSTANCE_HOME/var/log para errores de importación o dependencias faltantes.

Problemas comunes y soluciones

Descargas fallidas: busca mirrors o archivos archivados (archive.org, mirrors de Ubuntu, repositorios de SourceForge).
Conflicto de versiones: si instalas versiones distintas de Python, Zope o Plone, BIKA puede fallar. Mantén las versiones indicadas.
Permisos: asegúrate de que el usuario que ejecuta Zope/Plone tenga permisos sobre los directorios creados.

Alternativas y cuando no usar este método

Si puedes usar una distribución o contenedor moderno, considera desplegar BIKA en un contenedor Docker con imágenes actualizadas o usar una VM con Ubuntu 8.04 solo para la aplicación heredada.
No uses este método para instalaciones nuevas en producción sin pruebas: depende de software obsoleto y expone riesgos de seguridad.

Mini-metodología (resumen de pasos)

Preparar servidor Ubuntu 8.04 y SSH.
Definir variables de rutas y nombres.
Instalar compiladores y Python 2.4.
Descargar/compilar Zope 2.9.9 e instalar la instancia.
Desplegar Plone 2.5.3 en Products.
Descargar e instalar BIKA bundle y dependencias.
Probar el portal en el navegador y revisar logs.

Checklist por rol

Administrador del sistema:

Crear usuario con sudo
Configurar firewall/NAT para permitir acceso web
Instalar paquetes base (gcc, make, python2.4)

Administrador de aplicaciones:

Descargar y compilar Zope
Instalar Plone en la instancia Zope
Desplegar bundle de BIKA

Responsable de laboratorio:

Verificar flujo de datos y permisos de usuarios en BIKA
Probar casos críticos del LIMS (recepción de muestras, resultados)

Seguridad y privacidad

Esta guía utiliza Ubuntu 8.04 y Python 2.4, versiones sin soporte. No expongas instancias heredadas a Internet público sin medidas de compensación: firewall, VPN, listas de control de acceso.
Revisa la gestión de datos personales: si maneja datos de pacientes, aplica controles de acceso, cifrado en tránsito y almacenamiento según la normativa aplicable (por ejemplo, GDPR en la UE).

Compatibilidad y migración

Objetivo a medio plazo: migrar a versiones soportadas de Plone/Zope o a una imagen contenedorizada que encapsule dependencias antiguas. Plan de migración: extraer datos, validar en versión moderna, adaptar extensiones.

Glosario rápido

Zope: servidor de aplicaciones (Python) donde se ejecuta Plone.
Plone: CMS y plataforma sobre Zope que BIKA usa como base.
BIKA LIMS: sistema de gestión de información de laboratorio.

Resumen final

Este procedimiento instala una pila antigua (Zope 2.9.9, Plone 2.5.3) para permitir que BIKA 2.2.1 funcione correctamente. Es rápido para pruebas o migraciones, pero requiere precauciones de seguridad para producción.

Importante: conserva copias de seguridad y prueba en entorno aislado antes de exponer cualquier sistema a datos reales.

Cómo instalar BIKA LIMS Inkosi en un servidor Ubuntu en 15 minutos