BIKA LIMS und ReportLab unter Ubuntu installieren

Schnelle Anleitung zum Herunterladen, Installieren und Einrichten von BIKA LIMS und ReportLab unter Ubuntu. Enthält die notwendigen Befehle, Hinweise zur ReportLab-Schriftkonfiguration, das Starten von Zope/ID‑Server und eine Checkliste zur einfachen Fehlerbehebung.

Ziel und Voraussetzungen

Diese Anleitung beschreibt die manuelle Installation von BIKA LIMS und ReportLab auf einem Ubuntu-System. Erwartete Voraussetzungen:

• Root- oder sudo-Zugriff.
• Basiskenntnisse in der Nutzung der Shell und eines Texteditors (nano).
• Plone/Zope-Instanzverzeichnis (INSTANCE_HOME) vorhanden.

Begriffsdefinitionen in einer Zeile

• ReportLab: Python-Bibliothek zur PDF-Erzeugung.
• ID-Server: Dienst, der Identitäten/Ports für Plone-Instanzen verwaltet.

1. Herunterladen und Entpacken

Führen Sie die folgenden Befehle aus, um BIKA und ReportLab herunterzuladen und zu entpacken:

sudo wget $BIKA_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$BIKA_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR

sudo wget $REPORTLAB_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzvf $DOWNLOAD_DIR/$REPORTLAB_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR

2. ReportLab installieren

Installieren Sie die für Ihre Ubuntu-Version passende ReportLab-Pakettieffung aus den Repositories:

sudo apt-get install python-reportlab

Hinweis: Falls Sie eine neuere Python-Version oder virtuelle Umgebungen verwenden, prüfen Sie alternative Installationswege (siehe Abschnitt Alternativen).

3. BIKA-Schriftarten vorbereiten und installieren

Erstellen Sie ein Verzeichnis für die BIKA-Schriften und laden Sie das ZIP-Archiv herunter:

sudo mkdir $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR

sudo wget $BIKAFONTS_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

Kopieren Sie das ZIP-Archiv an den Zielort:

sudo cp $DOWNLOAD_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE

Falls unzip nicht installiert ist:

sudo apt-get install unzip

Entpacken Sie die Schriftdateien:

cd $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR

sudo unzip -j $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE

4. ReportLab-Installationspfad finden

Suchen Sie das ReportLab-Installationsverzeichnis (Beispiel: python2.4-Umgebung im Original):

REPORTLAB_INSTALL_LOCATION=`sudo find / -name reportlab -print | grep python2.4`

Setzen Sie anschließend das Zielverzeichnis für installierte Schriften und kopieren Sie die Schriftdateien dorthin:

INSTALLED_FONTS_DIR=$REPORTLAB_INSTALL_LOCATION/fonts

sudo mkdir $INSTALLED_FONTS_DIR

sudo cp $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR/* $INSTALLED_FONTS_DIR

Zur Kontrolle können Sie sich den Pfad anzeigen lassen:

$INSTALLED_FONTS_DIR

Beispielausgabe: usr/lib/python2.4/site-packages/reportlab/fonts

Wichtig: Notieren Sie sich diesen Pfad genau. Er wird in der ReportLab-Konfiguration benötigt.

5. ReportLab-Konfiguration anpassen (rl_config.py)

Öffnen Sie die Konfigurationsdatei von ReportLab und passen Sie den Pfad zu den Adobe-/Systemschriften an, damit auch die BIKA-Schriften gefunden werden:

sudo nano $REPORTLAB_INSTALL_LOCATION/rl_config.py

Nano-Tastenkürzel: Strg+K zum Ausschneiden, Strg+U zum Einfügen, Strg+X zum Beenden und Speichern.

Suchen Sie die Zeile mit dem Linux-Adobe-Schriftpfad, z. B.:

'/usr/lib/Acrobat9/Resource/Font',     #Linux, Acrobat 5?

Kopieren bzw. duplizieren Sie diese Zeile und ändern Sie sie so, dass sie auf das bika-fonts-Verzeichnis zeigt, z. B.:

' usr/lib/python2.4/site-packages/reportlab/fonts ',     #Linux, BIKA fonts

Speichern und schließen Sie die Datei (Strg+X, dann y).

Wichtig: Pfade dürfen keine zusätzlichen Tippfehler oder doppelte Leerzeichen enthalten.

6. BIKA in Plone/Products installieren

Kopieren Sie die BIKA-Produktdateien in das Products-Verzeichnis Ihrer Instanz:

sudo cp $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKA_VERSION/PloneProducts/* $INSTANCE_HOME/Products -r

Kopieren Sie das start-id-server-Skript in das Instanzverzeichnis:

sudo cp $INSTANCE_HOME/Products/bika/scripts/start-id-server $INSTANCE_HOME

Manche Anleitungen fordern eine Bearbeitung von start-id-server, das ist nur notwendig, wenn mehrere Plone-Instanzen denselben Port verwenden.

7. Zope-Config anpassen (zope.conf)

Finden Sie die zope.conf-Datei:

ZOPECONF_FILE=`sudo find / -name zope.conf -print`

Öffnen Sie die Datei:

sudo nano $ZOPECONF_FILE

Suchen Sie den Bereich mit den Umgebungsvariablen und fügen Sie den IDServerURL-Eintrag wie folgt hinzu bzw. ändern Sie ihn:

    
      IDServerURL http://localhost:8081
    

Speichern und schließen Sie die Datei.

Hinweis: Falls Sie einen anderen Port wählen, passen Sie sowohl start-id-server als auch diese Einstellung an.

8. ID-Server und Zope starten

Starten Sie den ID-Server (mit dem Benutzer, den Sie bei der Ubuntu-Installation gesetzt haben):

su USERNAME $INSTANCE_HOME/start-id-server

Starten Sie anschließend Zope:

$INSTANCE_HOME/bin/zopectl start

Ersetzen Sie USERNAME durch Ihren Benutzernamen.

9. BIKA im Browser öffnen und Plone-Site anlegen

Öffnen Sie im Browser die Zope-Management-Schnittstelle:

http://LIMSERVERlocalip:8080

LIMSERVERlocalip ist die IP-Adresse Ihres Servers, die Sie z. B. mit ifconfig herausfinden.

Melden Sie sich als Benutzer ‘admin’ an. Falls das Passwort nicht funktioniert, suchen Sie auf dem Server nach Passwortdateien:

sudo find / -name *password*

Öffnen Sie gefundene Dateien mit sudo nano, um die Zugangsdaten zu prüfen.

In der ZMI (Zope Management Interface) wählen Sie Manage -> Add -> Plone site. Geben Sie eine ID ein, z. B. bika-site-name, wählen Sie im Dropdown BIKA und klicken Sie auf Add.

Die Einrichtung kann einige Minuten dauern. Die fertige Site ist dann erreichbar unter:

http://LIMSERVERlocalip:8080/bika-site-name

Viel Erfolg!

Fehlerbehebung und typische Probleme

• ID-Server startet nicht: Prüfen Sie, ob der Port 8081 bereits von einem anderen Dienst belegt ist. Wechseln Sie ggf. den Port.
• ReportLab findet Schriften nicht: Überprüfen Sie, ob der in rl_config.py angegebene Pfad exakt mit INSTALLED_FONTS_DIR übereinstimmt.
• Anmeldung als admin schlägt fehl: Suchen Sie Passwortdateien wie oben beschrieben oder prüfen Sie die Zope-Logs in $INSTANCE_HOME/var/log.
• Berechtigungsfehler beim Kopieren: Verwenden Sie sudo und prüfen Sie Besitzer/Dateirechte.

Rollenbasierte Checkliste

Administrator

• sudo-Zugriff verifiziert
• INSTANCE_HOME gesetzt
• Ports 8080 und 8081 frei oder dokumentiert
• reportlab-Pfad notiert

Plone-Operator

• BIKA-Produktkopien im Products-Verzeichnis vorhanden
• start-id-server im Instanzverzeichnis
• zope.conf angepasst

Support

• Kenntnisse, wie Logdateien zu lesen sind ($INSTANCE_HOME/var)
• Zugang zum Server über SSH

Alternative Ansätze

• Verwenden Sie virtuelle Umgebungen (virtualenv/venv) und installieren Sie ReportLab per pip, wenn Sie moderne Python-Versionen nutzen.
• Für Produktionsumgebungen empfiehlt sich eine Paketverwaltung oder Containerisierung (Docker) mit definierten Images, um Reproduzierbarkeit zu erreichen.

Abnahmekriterien

• Die Seite http://LIMSERVERlocalip:8080/ zeigt die ZMI und erlaubt Login als admin.
• Die Plone-Instanz hat eine angelegte BIKA-Site und lädt ohne Fehler.
• ReportLab kann die BIKA-Schriften laden (keine Schriftfehler in generierten PDFs).
• ID-Server läuft und Zope reagiert auf Start/Stop-Befehle.

Kurze Sicherheits- und Datenschutzhinweise

• Schützen Sie das ‘admin’-Konto mit einem starken Passwort.
• Beschränken Sie SSH- und Webzugriffe auf vertrauenswürdige IPs.
• Speichern Sie produktive Patientendaten oder Probendaten nur auf sicheren Speichermedien mit Zugriffskontrolle.

1‑Zeilen-Glossar

• ZMI: Weboberfläche zur Verwaltung von Zope/Plone.
• rl_config.py: Konfigurationsdatei, die ReportLab-Schriftpfade definiert.

Zusammenfassung

• Laden Sie BIKA und ReportLab herunter, entpacken Sie die Archive und installieren Sie python-reportlab.
• Kopieren Sie die BIKA-Schriften in das ReportLab-Schriftenverzeichnis und passen Sie rl_config.py an.
• Installieren Sie die BIKA-Produktdateien in Plone, konfigurieren Sie zope.conf für den ID-Server und starten Sie die Dienste.

Wichtig: Notieren Sie sich alle Pfade und Ports. Prüfen Sie Logs bei Fehlern.