BIKA LIMS auf Ubuntu Server in 15 Minuten installieren

Übersicht

Diese How‑to-Anleitung zeigt, wie Sie eine ältere, kompatible Kombination aus Zope 2.9.9, Plone 2.5.3 und BIKA LIMS (bika-2_2_1_bundle) auf einem Ubuntu 8.04 Server installieren. BIKA funktioniert nicht mit neueren Plone-Versionen; deshalb verwenden wir die älteren, funktionierenden Releases. Die Anleitung orientiert sich an bestehenden Installations-Skripten und wurde für die aktuelle Dateiorganisation überarbeitet.

Wichtig: Ubuntu 8.04 ist eine veraltete Distribution. Führen Sie diese Anleitung nur in einer isolierten Testumgebung oder VM aus. Für produktive Systeme prüfen Sie moderne Alternativen weiter unten.

Empfohlene Einsatzszenarien

Testsysteme und Evaluationen von BIKA LIMS
Reproduzierbare Legacy-Umgebungen für Migrationstests
Forschungsumgebungen, in denen eine exakte Version benötigt wird

Begriffe in einer Zeile

Zope: Applikationsserver, auf dem Plone läuft.
Plone: CMS, das als Grundlage für BIKA dient.
BIKA LIMS: Labor-Informations-Management-System, das auf Plone aufsetzt.

Voraussetzungen

Ein frisch installiertes Ubuntu Hardy Heron 8.04 Server-Image (ISO/Repository: http://releases.ubuntu.com/releases/8.04/).
SSH-Zugang (öffentlicher Port 22 nicht von der Firewall geblockt).
Grundkenntnisse in der Nutzung von Terminal/SSH und sudo.
Mindestens ein weiteres Rechnergerät im LAN, um per SSH zu arbeiten (z. B. Putty unter Windows).

Hinweis: Verwenden Sie eigene Hostnamen, Benutzernamen und Passwörter statt der hier genannten Platzhalter (LIMSERVER, USERNAME, PASSWORD).

Vorbereitung: Ubuntu-Installation und Netzwerk

Installieren Sie Ubuntu 8.04 (Hardy Heron). Wählen Sie während der Paket-Auswahl openssh und LAMP server aus.
Melden Sie sich lokal am Server an und ermitteln Sie die lokale IP-Adresse mit:

ifconfig

Die lokale IP ist die Zahl nach dem ersten Auftreten von inet. z. B. inet addr:192.168.2.8 → 192.168.2.8 (nicht 127.0.0.1).

Öffnen Sie auf einer anderen Maschine im LAN einen SSH-Client (z. B. Putty: http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html) und verbinden Sie sich mit dem Server (Port 22).

Vorgehensweise: Verzeichnisse und Variablen (als Shell-Variablen)

Legen Sie auf dem Server Variablen und Verzeichnisse an, die die folgenden Beispielwerte verwenden. Ersetzen Sie LIMSERVER/USERNAME/PASSWORD durch Ihre Angaben.

Setzen Sie Download- und Build-Verzeichnisse:

DOWNLOAD_DIR=~/temp  
BUILDS_DIR=~/builddirs

MY_PRODUCTS_DIR=~/products

Zope-Variablen:

ZOPE_TARBALLDIR=http://www.zope.org/Products/Zope/2.9.9  
ZOPE_TARBALL=Zope-2.9.9-final.tgz  
ZOPE_WGET_ADDRESS=$ZOPE_TARBALLDIR/$ZOPE_TARBALL  
ZOPE_BUILDDIR=$BUILDS_DIR/Zope-2.9.9-final

Plone-Variablen:

SOFTWARE_HOME=~/zope-2.9.9  
# Plone software  
PLONE_TARBALL_DIR=http://launchpad.net/plone/2.5/2.5.3/+download  
PLONE_TARBALL=Plone-2.5.3-final.tar.gz  
PLONE_VERSION=Plone-2.5.3-final  
PLONE_WGET_ADDRESS=$PLONE_TARBALL_DIR/$PLONE_TARBALL  
# Wie soll Ihre Zope-Instanz heißen?  
INSTANCE_HOME=$SOFTWARE_HOME/Plone

BIKA-Variablen:

ROOT_LOGIN='admin'  
ROOT_PASSWORD='PASSWORD'  
BIKA_TARBALL_DIR=http://downloads.sourceforge.net/project/bika/bika/2.2.1  
BIKA_TARBALL=bika-2_2_1_bundle.tar.gz  
BIKA_VERSION=bika-2_2_1_bundle  
BIKA_WGET_ADDRESS=$BIKA_TARBALL_DIR/$BIKA_TARBALL  
REPORTLAB_TARBALL_DIR=http://www.reportlab.com/ftp/  
REPORTLAB_TARBALL=ReportLab_2_4.tar.gz  
REPORTLAB_VERSION=ReportLab_2_4  
REPORTLAB_WGET_ADDRESS=$REPORTLAB_TARBALL_DIR/$REPORTLAB_TARBALL  
BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR=http://bioinf.scri.ac.uk/lp/downloads/programs/genomediagram/  
BIKAFONTS_ZIPFILE=linfonts.zip  
BIKAFONTS_DIR=linfonts  
BIKAFONTS_WGET_ADDRESS=$BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE

Wichtig: Diese URLs waren zum Zeitpunkt der Erstellung gültig. Sollte eine Ressource nicht erreichbar sein, prüfen Sie die Projektdownload-Seiten oder Archivserver.

Installationsschritte (Kern)

Compiler und Basis-Tools installieren:

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install g++

Erstellen Sie die Download- und Build-Verzeichnisse:

mkdir $BUILDS_DIR $DOWNLOAD_DIR $MY_PRODUCTS_DIR

Alte Python-Version und Abhängigkeiten installieren:

sudo apt-get install python2.4

sudo apt-get install python2.4-dev

sudo apt-get install python2.4-elementtree

Zope herunterladen und installieren:

sudo wget $ZOPE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$ZOPE_TARBALL -C $BUILDS_DIR

cd $ZOPE_BUILDDIR

./configure --prefix=$SOFTWARE_HOME

Für eine Erklärung zu “./“ siehe: http://www.linfo.org/dot_slash.html

Kompilieren und installieren:

sudo apt-get install make

make

make install

Zope-Instanz vorbereiten:

$SOFTWARE_HOME/bin/mkzopeinstance.py -d $INSTANCE_HOME -u $ROOT_LOGIN:$ROOT_PASSWORD

Plone herunterladen und bereitstellen:

sudo wget $PLONE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$PLONE_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR

Die Plone-Installation als Produkt in die Zope-Instanz verlinken:

for i in $MY_PRODUCTS_DIR/$PLONE_VERSION/*;   
do echo $i;   
  ln -s $i $INSTANCE_HOME/Products/;   
done

Hinweis: Jede der vier Zeilen oben ist als eine einzelne Zeile auszuführen.

Ergänzende Plone-Komponenten installieren:

sudo apt-get install plone-site

BIKA-Pakete, ReportLab und Fonts nach Bedarf herunterladen und installieren (analog zu Zope/Plone-Schritten). Folgen Sie dabei den Variablen aus dem Abschnitt BIKA-Variablen.

Testen und Starten

Starten Sie die Zope/Plone-Instanz mit den üblichen Startskripten im $SOFTWARE_HOME-Verzeichnis (z. B. bin/start und bin/stop je nach Installationslayout). Öffnen Sie dann im Browser http://:8080/ und melden Sie sich mit ROOT_LOGIN/ROOT_PASSWORD an.

Fehlerbehebung (häufige Probleme und Lösungen)

wget-Fehler bei fehlenden Dateien: Prüfen Sie die URL im Browser von einem anderen Rechner. Wenn die Datei verschoben wurde, suchen Sie auf den Projektseiten nach Archiven.
Kompilierungsfehler: Fehlende “build-essential” oder Header — installieren Sie nötige -dev Pakete.
Port konfiguriert, aber nicht erreichbar: Prüfen Sie iptables/Firewall und dass Zope auf dem erwarteten Interface bindet.

Wichtig: Protokollmeldungen (Logs) in den Zope-Instanz-Logs enthalten oft die notwendigsten Hinweise. Lesen Sie zuerst dort.

Alternative Ansätze

Containerisierung: Verwenden Sie Docker mit exakt reproduzierbaren Images, wenn Sie Legacy-Software isoliert betreiben möchten.
Moderne Plone-Methoden: Wenn Sie nicht strikt an BIKA 2.2.1 gebunden sind, prüfen Sie neuere Plone- und BIKA-Releases oder Migrationstools.
VM-Snapshots: Nutzen Sie VM-Snapshots (z. B. in VirtualBox) für schnelle Wiederherstellung bei Tests.

Kompatibilitäts- und Migrationshinweise

BIKA 2.2.1 ist an Plone 2.5.x gekoppelt; neuere Plone-Versionen führen zu Inkompatibilitäten.
Planen Sie Migrationen: Extrahieren Sie Daten (z. B. CSV/JSON/SQL-Exporte) und testen Sie Migrationstools in einer separaten Umgebung.

Sicherheit und Datenschutz (GDPR-Hinweise)

Labordaten sind oft personenbezogen oder sensibel. Betreiben Sie produktive LIMS nur auf unterstützten, gepatchten Systemen.
Für produktiven Betrieb: Verschlüsseln Sie Verbindungen (HTTPS), nutzen Sie Firewalls und rollenbasierte Zugriffssteuerung.
Datenexport: Definieren Sie eine Lösch- und Archivierungsstrategie, um Datenschutzanforderungen zu erfüllen.

Rollenbasierte Checklisten

Admin:

SSH-Zugang prüfen
Ports/Firewall konfigurieren
System-Backups planen

Dev/Ops:

Abhängigkeiten prüfen (Python-2.4-Pakete)
Logs und Monitoring einrichten
Deployment-Skripte in Versionskontrolle

Endanwender (Laborpersonal):

Nutzer-Accounts anlegen
Basisschulung zur BIKA-Oberfläche
Testdaten und Workflows validieren

Mini-Methodik für Wiederholbare Installation

VM erstellen mit Ubuntu 8.04
Basissystem installieren (openssh, LAMP)
System-Updates (nur notwendige Pakete)
Verzeichnisse und Variablen setzen
Schrittweise Zope → Plone → BIKA installieren
Test-Logins und einfache Workflows prüfen
Snapshot/Backup erstellen

Entscheidungsbaum: Installation vs. Migration (Mermaid)

flowchart TD
  A[Start: Benötige BIKA?] --> B{Produktiv oder Test}
  B -->|Test| C[Legacy-VM mit Ubuntu 8.04 installieren]
  B -->|Produktiv| D{Kann Produkt auf neuem Stack laufen?}
  D -->|Ja| E[Moderne Plone/Bika installieren]
  D -->|Nein| F[Isolation via Container/VM + Härtung]
  C --> G[Installationsschritte ausführen]
  E --> H[Migrationsstrategie planen]
  F --> G
  G --> I[Tests und Validierung]

Abnahmekriterien

Zope-Instanz startet ohne Fehler
Plone-Benutzeroberfläche lädt und erlaubt Admin-Login
BIKA-Module sind in der Produktauswahl sichtbar
Beispielworkflow (z. B. Probenanlage) lässt sich ohne Fehler durchführen

Kurze Checkliste vor Produktionsbetrieb

Ersetzen Sie Standard-Passwörter
HTTPS aktivieren
Firewall-Regeln prüfen
Backup- und Wiederherstellungsplan anlegen

Kurze Glossar-Liste

LIMS: Laboratory Information Management System — Software zur Verwaltung von Laborprozessen.
Zope: Python-basierter Applikationsserver.
Plone: Auf Zope basierendes CMS, Träger von BIKA.

Edge-Cases / Wann diese Methode fehlschlägt

Sie benötigen aktuelle Sicherheitsupdates für ein produktives System: Diese Methode verwendet veraltete Distributionen.
Abhängigkeiten von Drittanbietern sind nicht mehr verfügbar: Suchen Sie Archivserver oder nutzen Sie Container-Images.

Zusammenfassung

Diese Anleitung hilft Ihnen, in einer isolierten Umgebung schnell eine funktionierende BIKA LIMS-Instanz mit Zope 2.9.9 und Plone 2.5.3 auf Ubuntu 8.04 aufzusetzen. Verwenden Sie die konfigurierten Variablen, befolgen Sie die Installationsschritte und prüfen Sie Logs bei Fehlern. Für den produktiven Einsatz planen Sie Migration oder Containerisierung sowie Sicherheitsmaßnahmen.

Wichtig: Nutzen Sie diese Anleitung in einer Testumgebung und evaluieren Sie modernere Deploy-Optionen für produktive Systeme.

BIKA LIMS Inkosi unter Ubuntu Server in 15 Minuten installieren