Installer BIKA LIMS Inkosi sur Ubuntu en 15 min

Ce guide montre comment installer une solution BIKA LIMS autonome sur un serveur Ubuntu ancien (8.04) en ~15 minutes si vous suivez les commandes pas à pas. Il explique les versions exactes requises, les commandes à exécuter et les points de vigilance réseau et sécurité.

Important: BIKA LIMS, Plone et Zope ont des dépendances versionnées. Ce guide utilise des versions anciennes compatibles entre elles. Ne migrez vers des versions récentes que lorsque BIKA prend officiellement en charge Plone plus récent.

Zope : serveur d’applications web Python utilisé par Plone. Utilisez-le pour héberger l’instance Plone.
Plone : CMS/plateforme basée sur Zope. BIKA s’appuie sur Plone pour l’interface et les contenus.
BIKA LIMS Inkosi : application de gestion de laboratoire qui s’installe comme un produit Plone.

But et portée

Ce document décrit la procédure pour construire une instance BIKA LIMS autonome sur une base Ubuntu 8.04 (Hardy Heron). Il fournit les commandes exactes nécessaires, les emplacements de téléchargement d’origine et des conseils de vérification réseau. Il n’aborde pas la configuration métier de BIKA (utilisateurs, tests, nomenclatures). Objectif pratique : obtenir une instance fonctionnelle.

Prérequis matériels et réseau

Serveur avec Ubuntu 8.04 installé. Pourquoi : les versions logicielles listées ont été testées avec cette distribution.
Accès SSH depuis une machine cliente sur le même réseau.
Accès Internet pour télécharger les tarballs et paquets.
Accès root (sudo) sur le serveur.

Remarque: adaptez les noms d’hôte, comptes et mots de passe à votre contexte. Dans les exemples on utilisera LIMSERVER, USERNAME et PASSWORD.

Sécurité initiale et recommandations

Important

Ubuntu 8.04 est en fin de vie. N’exposez pas cette machine en production sans mesures de protection réseau (firewall, VLAN, accès restreint).
Changez immédiatement le mot de passe admin par défaut après création.
Si des données personnelles sont traitées, vérifiez les obligations locales en matière de protection des données.

Étapes principales et explication courte

Installer une base Ubuntu 8.04 et sélectionner openssh + LAMP pendant l’installation.
Se connecter en SSH depuis un poste client (ex. PuTTY).
Créer les répertoires de travail.
Installer les compilateurs et anciennes versions de Python nécessaires.
Télécharger, compiler et installer Zope 2.9.9.
Installer Plone 2.5.3 dans l’instance Zope.
Déployer BIKA 2.2.1 et dépendances.

Connexion et adresse IP

Après installation d’Ubuntu, connectez-vous sur le serveur et vérifiez l’adresse locale fournie par le DHCP en tapant:

ifconfig

Repérez la valeur après la première instance de “inet”. Exemple : “inet addr:192.168.2.8” signifie que l’IP locale est 192.168.2.8. Ce n’est pas 127.0.0.1 (loopback).

Sur votre poste client, installez et lancez un client TTY/SSH tel que PuTTY (lien original fourni ci‑dessous). Ouvrez une session SSH (port 22) vers l’IP de LIMSERVER et connectez‑vous.

http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html

Conseil UX: copiez les commandes depuis ce guide et collez‑les dans la session SSH (Shift+Ins ou clic droit selon le client).

Préparer les répertoires

Exécutez les variables et créez les répertoires proposés (les blocs de code suivants doivent être exécutés tels quels):

DOWNLOAD_DIR=~/temp  
BUILDS_DIR=~/builddirs

MY_PRODUCTS_DIR=~/products

Configuration Zope :

ZOPE_TARBALLDIR=http://www.zope.org/Products/Zope/2.9.9  
ZOPE_TARBALL=Zope-2.9.9-final.tgz  
ZOPE_WGET_ADDRESS=$ZOPE_TARBALLDIR/$ZOPE_TARBALL  
ZOPE_BUILDDIR=$BUILDS_DIR/Zope-2.9.9-final

Configuration Plone :

SOFTWARE_HOME=~/zope-2.9.9  
# Plone software  
PLONE_TARBALL_DIR=http://launchpad.net/plone/2.5/2.5.3/+download  
PLONE_TARBALL=Plone-2.5.3-final.tar.gz  
PLONE_VERSION=Plone-2.5.3-final  
PLONE_WGET_ADDRESS=$PLONE_TARBALL_DIR/$PLONE_TARBALL  
# What do you want your Zope instance to be called?  
INSTANCE_HOME=$SOFTWARE_HOME/Plone

Configuration BIKA et dépendances :

ROOT_LOGIN='admin'  
ROOT_PASSWORD='PASSWORD'  
BIKA_TARBALL_DIR=http://downloads.sourceforge.net/project/bika/bika/2.2.1  
BIKA_TARBALL=bika-2_2_1_bundle.tar.gz  
BIKA_VERSION=bika-2_2_1_bundle  
BIKA_WGET_ADDRESS=$BIKA_TARBALL_DIR/$BIKA_TARBALL  
REPORTLAB_TARBALL_DIR=http://www.reportlab.com/ftp/  
REPORTLAB_TARBALL=ReportLab_2_4.tar.gz  
REPORTLAB_VERSION=ReportLab_2_4  
REPORTLAB_WGET_ADDRESS=$REPORTLAB_TARBALL_DIR/$REPORTLAB_TARBALL  
BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR=http://bioinf.scri.ac.uk/lp/downloads/programs/genomediagram/  
BIKAFONTS_ZIPFILE=linfonts.zip  
BIKAFONTS_DIR=linfonts  
BIKAFONTS_WGET_ADDRESS=$BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE

Note: les URL originales peuvent changer avec le temps. Conservez les mêmes versions pour éviter les conflits de dépendances.

Installer les compilateurs et outils de construction

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install g++

Créez les répertoires de téléchargement :

mkdir $BUILDS_DIR $DOWNLOAD_DIR $MY_PRODUCTS_DIR

Installez la version ancienne de Python nécessaire à Zope/Plone :

sudo apt-get install python2.4

sudo apt-get install python2.4-dev

sudo apt-get install python2.4-elementtree

Télécharger et compiler Zope

Récupérez Zope depuis l’adresse définie et extrayez l’archive :

sudo wget $ZOPE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$ZOPE_TARBALL -C $BUILDS_DIR

cd $ZOPE_BUILDDIR

Configurez l’installation pour le préfixe choisi :

./configure --prefix=$SOFTWARE_HOME

Pour rappel, l’utilisation de “./“ lance un script présent dans le répertoire courant.

Installez les outils make et compilez :

sudo apt-get install make

make

make install

Préparez l’instance Zope avec le compte administrateur :

$SOFTWARE_HOME/bin/mkzopeinstance.py -d $INSTANCE_HOME -u $ROOT_LOGIN:$ROOT_PASSWORD

Télécharger et installer Plone

sudo wget $PLONE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$PLONE_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR

Créez l’instance Plone unique et liez les produits Plone à l’instance Zope :

for i in $MY_PRODUCTS_DIR/$PLONE_VERSION/*;   
do echo $i;  
  ln -s $i $INSTANCE_HOME/Products/;   
done

Chaque instruction ci‑dessous doit être saisie exactement comme lues (quatre lignes).

Ensuite installez le paquet complémentaire plone-site :

sudo apt-get install plone-site

À ce stade, vous devriez disposer d’un site Plone fonctionnel dans l’instance Zope. Nous avons utilisé cette méthode ancienne parce que la version de BIKA ciblée ne fonctionne pas sur des versions Plone plus récentes.

Déployer BIKA et dépendances (résumé)

Après avoir installé Plone, téléchargez et installez le bundle BIKA 2.2.1 et les composants ReportLab et polices référencés dans les variables. Suivez l’ordre logique : dépendances système puis produits Plone.

Points de vérification rapides

Vérifiez que le service Zope tourne et écoute le port attendu (p.ex. 8080 par défaut).
Accédez à l’interface de gestion Zope/Plone depuis un navigateur interne.
Connectez‑vous avec l’utilisateur admin créé (ROOT_LOGIN).
Changez le mot de passe administrateur dès la première connexion.

Scénarios où cette méthode échoue

Si vous utilisez une version d’Ubuntu différente et que les paquets python2.4 ne sont pas disponibles, l’installation échouera.
Si les URLs de téléchargement ont été déplacées, les wget échoueront : remplacez les adresses par des miroirs qui conservent les mêmes versions.
BIKA n’est pas compatible avec Plone récent : tenter d’installer Plone 3+ entraînera des erreurs d’incompatibilité.

Approches alternatives modernes

Utiliser des conteneurs (Docker) pour isoler les anciennes versions du système hôte. Créez une image basée sur Ubuntu 8.04 ou utilisez une image minimale et installez les paquets requis.
Installer une machine virtuelle (VM) avec l’ISO Ubuntu 8.04, ce qui permet de garder l’hôte à jour.
Si disponible, utilisez une branche BIKA compatible avec Plone moderne et installez Plone via buildout/virtualenv pour plus de maintenabilité.

Mini‑méthodologie pour reproduire l’installation (checklist rapide)

Préparer la VM/serveur Ubuntu 8.04 et ouvrir SSH.
Créer les répertoires et définir les variables d’environnement.
Installer gcc, g++, make et python2.4 + dev + elementtree.
Télécharger, compiler et installer Zope.
Créer l’instance Zope avec mkzopeinstance.py.
Déployer Plone dans Products et installer plone-site.
Télécharger et installer BIKA et dépendances.
Tester l’accès web et modifier les mots de passe.

Rôles et checklist (tâches par rôle)

Administrateur système

Installer Ubuntu 8.04 et sélectionner openssh + LAMP.
Configurer le firewall pour autoriser l’accès interne nécessaire.
Installer gcc, g++, make, python2.4 et paquets liés.

Administrateur Plone/BIKA

Télécharger et déployer Plone dans l’instance Zope.
Installer le bundle BIKA et vérifier l’activation des produits.
Créer comptes utilisateurs et définir permissions de base.

Développeur

Vérifier que le code personnalisé est compatible avec Plone 2.5.3.
Tester les modules tiers (ReportLab, polices) requis par BIKA.

Boîte à faits (éléments clés)

Durée estimée d’une installation complète (si les téléchargements fonctionnent) : ~15 minutes pour l’exécution des commandes, hors téléchargement initial.
Versions utilisées dans ce guide : Zope 2.9.9, Plone 2.5.3, BIKA 2.2.1.
Système cible recommandé pour ce guide : Ubuntu 8.04 (Hardy Heron).

Tests et critères de succès

L’interface Plone s’affiche et vous pouvez vous connecter en tant qu’admin.
Les produits Plone apparaissent sous INSTANCE_HOME/Products et BIKA est listé dans l’interface de gestion.
Génération de rapports (ReportLab) fonctionne sans erreurs de dépendances.

Notes de sécurité et conformité

Ne laissez pas cette VM exposée à Internet en production sans renforcement (pare‑feu, VPN).
Si vous gérez des données sensibles ou des données personnelles, validez les exigences légales locales avant mise en production.

Résolution des problèmes courants

wget retourne 404 : cherchez un miroir ou un dépôt d’archives contenant la même version et mettez à jour la variable correspondante.
Erreur de compilation lors de make : installez les paquets -dev nécessaires et vérifiez les logs de compilation.
Problème d’encodage ou dépendance Python : vérifiez que python2.4 et python2.4-dev sont bien installés.

Résumé final

Ce guide vous permet de déployer une instance BIKA LIMS fonctionnelle en utilisant des versions compatibles connues. Suivez l’ordre d’installation, travaillez depuis une session SSH fiable et protégez la machine si elle contient des données réelles. Pour un déploiement durable, envisagez la conteneurisation ou la VM pour isoler ces anciennes dépendances.

Important